Iqbal sinh ra ở Sialkot, trong tỉnh Punjab của Ấn Độ thuộc Anh (nay là Pakistan). Tổ tiên của ông là Kashmiri Pandits, Brahmins của dòng họ Sapru từ Kashmir đã chuyển sang Hồi giáo.[10][13] Vào thế kỷ 19, khi người Sikh đang nắm quyền cai trị Kashmir, ông nội của ông đã di cư đến Punjab. Iqbal thường đề cập và hồi tưởng về dòng dõi Kashmiri Pandit Brahmin của mình trong các tác phẩm của ông.[10]

Cha của Iqbal, Shaikh Noor Mohammad, là một thợ may, không được học hành bài bản nhưng là một người sùng đạo.[6][14] Mẹ Iqbal, Imam Bibi, là một phụ nữ lịch lãm và khiêm tốn giúp đỡ người nghèo và giải quyết các vấn đề của những người hàng xóm. Bà qua đời ngày 09 tháng 11 năm 1914 ở Sialkot.[7][13]

Iqbal lên 4 khi vào học kinh Qur'an trong một nhà thờ Hồi giáo, ông học tiếng Ả Rập từ thầy giáo Syed Mir Hassan, người đứng đầu madrassa và giáo sư tiếng Ả Rập tại Scotch Mission College ở Sialkot, nơi Iqbal hoàn tất matriculation năm 1893. Ông nhận Intermediate với văn bằng Faculty of Arts từ Murray College Sialkot năm 1895.[7][10][15] Cùng năm đó, ông nhận bằng cử nhân ngành triết học, văn học Anh và tiếng Ả Rập là các môn học của ông từ Government College Lahore vào năm 1897, và đã giành huân chương Khan Bahadurddin FS Jalaluddin do ông được điểm cao hơn trong lớp học tiếng Ả Rập[7]. Năm 1899, ông đã nhận được bằng thạc sĩ từ cùng một trường đại học và xếp hạng nhất ở Đại học Punjab, Lahore.[7][10][15]

Iqbal đã kết hôn ba lần, năm 1895 lúc dang học cử nhân ông đã kết hôn lần đầu với Karim Bibi, con gái bác sĩ Gujarat Khan Bahadur Ata Muhammad Khan, thông qua một cuộc hôn nhân sắp đặt. Họ có con gái Miraj Begum và con trai Aftab Iqbal. Sau đó cuộc hôn nhân thứ nhì của Iqbal là với mẹ Sardar Begum của Javid Iqbal và cuộc hôn nhân thứ ba với Mukhtar Begum tháng 12 năm 1914.[7][9]